Der Torfabbau verändert den Wasserhaushalt von Mooren erheblich. Durch den Einschnitt in diese homogenen Böden bringen wir den Wasserhaushalt dauerhaft aus dem Gleichgewicht.
Bei der Torfgewinnung muss die Torfmasse getrocknet werden, um sie bearbeiten und mit schweren Maschinen zugänglich machen zu können. Nachdem die Wälder großflächig abgeholzt wurden, wird der Torfboden mit unzähligen Oberflächengräben zerschnitten. Diese Kanäle beschleunigen den Wasserfluss zum Rand des Sumpfes. In den Krisenzeiten 1914–18 und 1939–45 wurden mitten in den Torfmooren des Ponts-Tals mehr als 12 Kilometer Gräben ausgehoben. Sie sind immer noch perfekt identifizierbar und dennoch funktionsfähig.
Darüber hinaus installierten die Arbeiter nach der Torfgewinnung, der Zerkleinerung und Reduzierung der Vegetation der Sümpfe und der Absenkung der Restböden systematisch Netze tiefer Entwässerungen, um diese Böden in Mähwiesen umzuwandeln und Fläche zu gewinnen.
Diese unterirdischen Netze entwässern heute alle landwirtschaftlichen Flächen und sind für die Sanierung der Wiesen und deren Nutzung unerlässlich. Sie reichen bis an die unmittelbare Peripherie der Torfmoore oder reichen je nach Hanglage bis ins Herz der Sumpfgebiete. Solche Netzwerke entwässern die Sümpfe kontinuierlich. Sie leiten Oberflächenwasser ab und leiten die Zufuhr durch Abfluss um, was eher heimlich geschieht, weil es schwieriger nachzuweisen ist. Dadurch werden die Moore sowohl an der Oberfläche als auch in der Tiefe ausgetrocknet. Der untenstehende Link bietet Zugang zum Geoportal des Kantons und zeigt das ausgedehnte Entwässerungsnetz rund um das Marais-Rouge. Auch die im Torfmoor ausgehobenen Gräben sind erkennbar:
Um die Auswirkungen auf den Wasserhaushalt der Moore zu begrenzen oder sogar zu stoppen, sieht die gesetzliche Grundlage die Einrichtung von Pufferzonen am Rande der Moore vor. Ziel dieser Zone ist es, die Auswirkungen von Abflüssen zu beseitigen, indem die Evakuierung von Wasser aus den geschützten Biotopen verhindert wird. Entwässerungsspezialisten gehen davon aus, dass Abflüsse etwa 15 Meter lang wirksam sind. Daher wurde ein politisch akzeptabler Gewässerschutzgürtel von 15 Metern Breite beibehalten. In diesem Bereich rund um die Moore und in den Sümpfen selbst müssen alle Abflüsse entfernt oder zumindest verstopft werden, um das Austrocknen des Torfbodens zu verhindern.
Während die schrittweise durchgeführten Revitalisierungsmaßnahmen in den Mooren die Schließung eines Teils der Oberflächenkanäle ermöglichen, hat die Befürchtung, dass die an die Moore angrenzenden landwirtschaftlichen Flächen übermäßig nass werden könnten, die Verwirklichung der Wasserpufferzonen erheblich verzögert und eingeschränkt.
Die Wasserpufferzonen von Neuchâtel sind das Ergebnis eines Kompromisses zwischen der Degradierung des Graslandes und der Wirksamkeit der Drainagen im Torf. Die Rolle und Bedeutung der Wasserversorgung des Marschlandes (Wasserscheide des Marschgebiets) wurde Anfang der 2000er Jahre bei der Einrichtung der Pufferzonen nicht ausreichend berücksichtigt.